Genome misclassification of Klebsiella variicola and Klebsiella quasipneumoniae isolated from plants, animals and humans / Clasificación errónea de aislados de Klebsiella variicola y Klebsiella quasipneumoniae obtenidos de plantas, animales y humanos

Abstract: Objective: Due to the fact that K. variicola, K. quasipneumoniae and K. pneumoniae are closely related bacterial species, misclassification can occur due to mistakes either in normal biochemical tests or during submission to public databases. The objective of this work was to identify K. variicola and K. quasipneumoniae genomes misclassified in GenBank database. Materials and methods: Both rpoB phylogenies and average nucleotide identity (ANI) were used to identify a significant number of misclassified Klebsiella spp. genomes. Results: Here we report an update of K. variicola and K. Quasipneumoniae genomes correctly classified and a list of isolated genomes obtained from humans, plants, animals and insects, described originally as K. pneumoniae or K. variicola, but known now to be misclassified. Conclusions: This work contributes to recognize the extensive presence of K. variicola and K. quasipneumoniae isolates in diverse sites and samples.

Resumen: Objetivo: Identificar genomas mal clasificados de K. variicola, y K. quasipneumoniae en la base de datos del GenBank. Material y métodos: En el presente estudio se usaron tanto análisis filogenéticos usando rpoB como la identidad media de nucleótidos (ANI, por sus siglas en ingles) para identificar un número significativo de genomas del género Klebsiella. Resultados: Se reportó una actualización de genomas de K. variicola y K. quasipneumoniae correctamente clasificados y una lista de aquellos aislamientos obtenidos de seres humanos, plantas, animales e insectos, descritos originalmente como K. pneumoniae o K. variicola pero ahora se conoce que están mal clasificados. Conclusiones: Este trabajo contribuye a la presencia extensiva de aislamientos de K. variicola y K. quasipneumoniae en diversos sitios y muestras.

Prevalência das famílias TEM, SHV e CTX-M de -lactamases de espectro estendido em Escherichia coli e Klebsiella spp no Hospital Universitário de Santa Maria, Estado do Rio Grande do Sul / Prevalence of the TEM, SHV and CTX-M families of extended-spectrum -lactamases in Escherichia coli and Klebsiella spp at the University Hospital of Santa Maria, State of Rio Grande do Sul

Neste estudo estimou-se a distribuição e prevalência de β-lactamases de espectro estendido pertencentes às famílias TEM, SHV e CTX-M entre amostras de Escherichia coli e Klebsiella spp. no Hospital Universitário de Santa Maria, Rio Grande do Sul. Durante 14 meses, 90 microrganismos foram selecionados como prováveis produtores de ESBL. Os isolados foram submetidos a testes fenotípicos confirmatórios para a presença de ESBL. A seguir, os tipos de ESBLs presentes em cada microrganismo foram determinados através da pesquisa dos respectivos genes através da reação em cadeia da polimerase. Empregando-se o método do disco combinado, a presença de ESBLs foi confirmada em 55 (61,1 por cento) amostras; quando o método do duplo disco foi utilizado, 57 (63,3 por cento) amostras foramprodutoras de ESBLs. Com base na PCR, as ESBLs do tipo TEM e SHV foram mais presentes em Klebsiella pneumoniae enquanto que ESBL do tipo CTX-M foram mais presentes em Klebsiella oxytoca.

In this study, the distribution and prevalence of extended-spectrum β-lactamases belonging to the TEM, SHV and CTX-M families were estimated among samples of Escherichia coli and Klebsiella spp. at the university hospital of Santa Maria, Rio Grande do Sul. Over a 14-month period, 90 microorganisms were selected as likely ESBL producers. The isolates were subjected to confirmatory phenotype tests for the presence of ESBL. Through investigating the respective genes using the polymerase chain reaction, the ESBL types present in each microorganism were then determined. Fifty-five samples (61.1 percent) were confirmed as ESBL-positive by means of the combined disc method, and 57 (63.3 percent) were found to be ESBL producers by means of the double disc method. From the polymerase chain reaction, ESBLs of TEM and SHV types were more frequently present in Klebsiella pneumoniae, while ESBL of CTX-M type was more frequently present in Klebsiella oxytoca.

Neumonía extrahospitalaria por Klebsiella oxytoca / Extra-hospital pneumonia by Klebsiella oxytoca

La neumonía es un síndrome clínico de etiología infecciosa, producido por la inflamación aguda del parénquima pulmonar distal a los bronquíolos terminales, que se acompaña de un cuadro radiológico característico. De acuerdo al ámbito en que se origine, puede ser extra o intranosocomial. La incidencia de neumonía extrahospitalaria por Gram negativos, se calcula en un 7-18 por ciento, de los cuales un 3 por ciento, sería producido por la Klebsiella pneumoniae. No hemos hallado en la literatura médica reportes de Klebsiella oxytoca como agente etiológico de neumonía de la comunidad. Se presenta un paciente de sexo masculino de 45 años de edad, que ingresa al servicio con diagnóstico de neumonía extrahospitalaria con hipoxemia, por lo que se inició tratamiento con la combinación ampicilina/sulbactam. El paciente evolucionó en forma desfavorable, con atelectasia de lóbulo inferior derecho y derrame pleural. Un cultivo de esputo fue positivo para Klebsiella oxytoca. Se rotó el esquema antibiótico a ceftazidime con mejoría clínica y resolución radiológica. Se concluye que debería tenerse presente a este agente etiológico, en especial en aquellos pacientes con neumonía de la comunidad que no responden al tratamiento empírico convencional

Klebocine typing of Klebsiella species isolated from diarrhoeal children under 5 years in Madras, India.

Klebocine typing of Klebsiella isolated as single pathogen from diarrhoeal diseases in children under five years revealed prominent type 4143 (14.8%) and 3322 (12.9%). There was no seasonal variation noticed.

Antibiotic and heavy metal resistence associated to plasmids in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae in Chile

Resistência a antibióticos e metais pesados associada a plasmídio em isolados clínicos de Klebsiella de origem hospitalar no Chile. Isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae de origem hospitalar apresentaram resistência múltipla para antibióticos e metais pesados associada a presença de plasmídio